Genomtisztító szoftvert fejlesztettek szegedi kutatók
A Szegedi Biológiai Kutatóközpont Biokémiai Intézetében működő Szintetikus és Rendszerbiológiai Egység tudományos főmunkatársa, Nagy László vezette kutatócsoport egy olyan genom-tisztító szoftvert fejlesztett, amely a korábbiaknál jóval pontosabban szűri ki és távolítja el a genomi adatokba bekerült szennyeződéseket – olvasható a Magyar Kutatási Hálózat (HUN-REN) hétfői közleményében.
A Nature Communications folyóiratban még januárban ismertetett új, ContScout nevű szoftveres eljárás „a korábban más csoportok által közzétett megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket, miközben a horizontális géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja”.
A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, amelynek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben olyan mértékű volt, hogy a közzétett genomadatokból egy másik élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt. A folyóiratcikk részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyező szekvenciák azokra az elemzésekre, amelyek az egyedi géncsaládok, valamint az élőlények evolúciós történetét kívánják feltárni.
Kapcsolódó cikkek a Qubiten: