A Szegedi Biológiai Kutatóközpont Biokémiai Intézetében működő Szintetikus és Rendszerbiológiai Egység tudományos főmunkatársa, Nagy László vezette kutatócsoport egy olyan genom-tisztító szoftvert fejlesztett, amely a korábbiaknál jóval pontosabban szűri ki és távolítja el a genomi adatokba bekerült szennyeződéseket – olvasható a Magyar Kutatási Hálózat (HUN-REN) hétfői közleményében.

A Nature Communications folyóiratban még januárban ismertetett új, ContScout nevű szoftveres eljárás „a korábban más csoportok által közzétett megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket, miközben a horizontális géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja”.

A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, amelynek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben olyan mértékű volt, hogy a közzétett genomadatokból egy másik élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt. A folyóiratcikk részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyező szekvenciák azokra az elemzésekre, amelyek az egyedi géncsaládok, valamint az élőlények evolúciós történetét kívánják feltárni.

Kapcsolódó cikkek a Qubiten:

A DeepMind új algoritmusa megjósolja, milyen betegségekhez vezethetnek a fehérjék hibái

Tóth András tudomány 2023. szeptember 22.

A forradalmi fehérjekutató algoritmusra, az AlphaFoldra épülő mesterséges intelligenciával több tízmillió genetikai variánsról fedték fel, hogy patogén-e vagy sem.

Itt az emberi pángenom, ami soha nem látott módon képezi le fajunk genetikai sokszínűségét

Tóth András tudomány 2023. május 10.

Négy év kutatómunka után közzétették az első emberi pángenomot, ami a remények szerint segíthet egyes betegségek jobb diagnosztikájában, kezelésében, és abban, hogy a modern genomika vívmányai minden emberi populációnak hasznosnak bizonyuljanak. A Qubitnek a tudományos mérföldkövet Michael White amerikai genetikus kommentálta.

Három dimenzióban kell gondolkodnunk, ha meg akarjuk érteni a DNS működését

Tóth András tudomány 2022. november 2.

A genomot sejtmagba csomagoló térbeli szerkezetet és annak működését csak mostanában kezdjük igazán megérteni, de az már látszik, hogy ennek feltárása segíthet megérteni a vírusos fertőzések lefolyását és egyes betegségek okait.