Sikerült covidra fogékony állatok genetikai információját kimutatni olyan, a vírusra pozitív környezeti mintákban, amiket 2019 végén, a vuhani Huanan piacon gyűjtöttek – állítja egy március 20-án közzétett vizsgálat, amelynek előzetes konklúzióról az Atlantic számolt be múlt héten. Az amerikai magazin információit, miszerint a covidjárvány kiindulása a piacon árult, rókákkal rokon nyestkutyákhoz lehet köthető, lényegében a teljes világsajtó átvette.

A mintegy 19 amerikai, ausztrál, brit, belga és francia virológusból álló csoport a GISAID vírus genomikai adatbázisba kínai szakemberek által feltöltött, március 9-én rövid ideig nyíltan elérhető nyers genomikai adatokat elemzett. Ezek olyan, úgynevezett metagenomikai szekvenciák, amelyek a környezetből vett mintában megtalálható összes genetikai anyagot tartalmazzák, így lehetővé teszik annak kiderítését, hogy milyen élőlények vagy vírusok vannak jelen az adott területen.

Az Alexander Crits-Christoph és kollégái által vizsgált adatok George Gao, a kínai járványügyi központ (CCDC) korábbi vezetőjének és kollégáinak egy még 2022 februárjában közzétett preprintjéhez köthetők, amiben a kínai kutatók arról számolnak be, hogy a piacon 73 környezeti minta pozitív volt a covidot okozó SARS-CoV-2 vírusra. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) március 18-i közleménye szerint a kínai szakemberek őket arról tájékoztatták, hogy ezek a genomikai adatok adják az alapját annak az átdolgozott tanulmánynak, amit Gao és munkatársai nemrég a Nature tudományos folyóiratnak küldtek be. Azt, hogy a preprint jelenleg valóban szakmai elbírálás áll, igazolja a Research Square-en látható státusza.

Amint nemrég összefoglaltuk, az eddigi tudományos vizsgálatok arra mutatnak, hogy a covidjárvány a Huanan piacról indulhatott ki 2019 végén, és az ott zajló élőállat-kereskedelemmel függhet össze. Egy március elején, a Journal of Virology folyóiratban megjelent szerkesztőségi cikkben James Alwine és kollégái a rendelkezésre álló bizonyítékokat összegezték, és arra jutottak, hogy „a laborból kiszabadult vírus és a zoonotikus eredetmagyarázat nem azonos valószínűségű”, és a meglévő bizonyítékok inkább az utóbbit sugallják. A szakemberek szerint a legjobb tudományos bizonyítékok közvetlenül zoonotikus eredetre mutatnak, hasonlóan ahhoz, ahogyan az embereket fertőző „nátha koronavírusok”, a 2002-2004-es járványért felelős SARS-CoV, a HIV vírus, vagy az influenza A vírus egykor létrejöttek.

Mit állított az Atlantic cikke?

Katherine Wu, az Atlantic újságírója március 16-án megjelent cikkében arról számolt be, hogy virológusok egy nemzetközi csoportja véletlenül „kulcsfontosságú adatokra” bukkant egy genomikai adatbázisban, amik arra utalhatnak, hogy a piacon illegálisan árult nyestkutyák hordozhatták a kórokozót – így azok lehettek az eredetileg denevérekben kialakult SARS-CoV-2 köztes gazdái, mielőtt a vírus átugrott volna az emberre.

Wu ezekhez az információkhoz feltételezhetően úgy jutott hozzá, hogy azok kiszivárogtak a WHO járványok eredetével foglalkozó SAGO (Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens) tanácsadó csoportjának március 14-i megbeszéléséről. Ezen az egyeztetésen a genetikai vizsgálatot végző nyugati szakemberek mellett a kínai járványügyi központ munkatársai is jelen voltak.

Az Atlanticnek a kutatásban résztvevő Angela Rasmussen, a kanadai Saskatchewan Egyetem oltási és fertőző betegségekkel foglalkozó szervezetének virológusa azt nyilatkozta, hogy „ez egy elég erős indikátora annak, hogy a piacon lévő állatok fertőzöttek voltak”, és szerinte „nincs rá más értelmes magyarázat”. A cikkben Wu arról írt, hogy fél nappal azután, hogy a kutatók letöltötték az adatokat, az találták, hogy több környezeti minta pozitív volt a SARS-CoV-2 vírusra, és tele voltak állati genetikai információval, amelyek jó része nyestkutyákból származik.

Az újságíró ugyanakkor már cikkében is jelezte, az eredmények nem zárják ki, hogy más állatok is hordozhatták a vírust. Az Atlanticnek Kristian Andersen virológus, aki Rasmussenhez hasonlóan szintén részt vett a vizsgálatban és évek óta foglalkozik a covidjárvány eredetének felderítésével, ezt így foglalta össze: „Tudjuk, hogy a köztes gazda egy nyestkutya volt? Nem. De magasan van a lehetséges gazdák sorában? Igen. Azonban határozottan nem az egyetlen lehetőség.”

A genetikai vizsgálat nem igazolja, hogy biztosan fertőzöttek voltak az állatok

A nemzetközi csoport által kiadott preprint tanulmány szerint különböző vadon élő fajok genetikai anyagaira bukkantak a szekvenciák között, és azt találták, hogy a vírusra fogékony fajok RNS-e és DNS-e a piacnak arról a részéről vett minták között a leggyakoribb, ahol tudható, hogy élő állatokat árultak. Ez ugyanaz a hely a kutatók szerint, ahonnan a legtöbb SARS-CoV-2-re pozitív környezeti minta is eredeztethető, ami alatt a vírus RNS-genomjának szekvenciáit kell érteni. Mint írják, a nyestkutyák és más fogékony emlősök genetikai anyaga (mitokondriális DNS) több mintában nagyobb arányban volt jelen, mint az emberé.

Ezek mennyisége öt emlős esetén elegendően volt ahhoz, hogy a kutatók összeállítsák a teljes, vagy szinte teljes mitokondriális genomjukat. A nyestkutya (Nyctereutes procyonoides) mellett ilyen volt a szőrösorrú sül (Hystrix brachyura), a kínai sün (Erinaceus amurensis), az álcás pálmasodró (Paguma larvata) és a deres bambuszpatkány (Rhizomys pruinosus). A kutatók szerint ezek a szekvenciaadatok segíthetnek megérteni a piacon árult állatok eredetét, ami hozzájárulhat majd annak felgöngyölítéséhez, hogyan okozta a járványt az élőállat-kereskedelem.

A mitokondriális genomok összeállítása mellett a szakemberek a szekvenciákat de novo genomösszeállítási eljárásnak vették alá a szekvenálás során meghatározott DNS-szakaszok (readek) segítségével. Ezután a kapott szekvenciákat az adatbázisokban rendelkezésre álló referenciagenomokkal vetették össze, és meghatározták, milyen fajhoz tartozhatnak. Egy mintában ezek 99-100 százalékban passzoltak a nyestkutya genomjával.

A kutatók azt állítják, hogy mindezzel bizonyítékot szolgáltattak arra, hogy a Huanan piacon jelen voltak SARS-CoV-2-re fogékony állatok, mielőtt azt 2020. január 1-én bezárták volna a kínai hatóságok. Hozzáteszik, ezekből az adatokból nem határozható meg, hogy melyik állatfaj volt a köztes gazda. De arra, hogy miért fordult elő egy helyen a genetikai anyaguk és a SARS-CoV-2 vírus, az lehet egy lehetséges hipotézis, hogy ezeknek az állatoknak egy része fertőzött volt.

A Qubit kérdésére, hogy a vizsgálat igazolja-e, hogy a piacon az állatok valóban fertőzöttek voltak SARS-CoV-2 vírussal, Francois Balloux, a University College London Genetikai Intézetének vezetője és fertőző betegségek genetikai vizsgálatával foglalkozó professzora elmondta, hogy „mivel csak a környezetből vett mintákat vizsgáltak, ezek az adatok nem teszik lehetővé, hogy bármit állítsunk arról, hogy állatok SARS-CoV-2-vel fertőzöttek voltak. Az egyetlen kielégítő módja annak, hogy erre a kérdésre választ kapjunk, az a piacon közvetlenül az állatoktól vett minták vizsgálata lenne. Nem világos, hogy ilyen mintákat vettek-e és ezeket megőrizték-e.”

Arra, hogy a rendelkezésünkre álló adatok alapján a nyestkutyák a vírus valószínűbb köztes gazdái lehettek-e más, a piacon jelen lévő emlősöknél, a svájci genetikus úgy reagált, hogy „a nyestkutyákat kísérletileg meg lehet fertőzni SARS-CoV-2-vel, ha elég nagy dózisnak vannak kitéve, és képesek terjeszteni is a vírust, bár nem túl hatékonyan”. Hozzátette, ezek az állatok „nem kifejezetten fogékonyak a SARS-CoV-2-re. A járvány kezdete óta egyetlen vadon, vagy fogságban élő nyestkutyáról sem jelentették eddig, hogy megfertőződött volna SARS-CoV-2-vel”.

Egy időre letiltotta a nyugati kutatók hozzáférését a GISAID

A kutatók vizsgálatának alapját adó adatforrást, a GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) adatbázist eredetileg influenzavírus-genomok tárolására és megosztására hozták létre 14 évvel ezelőtt. A covidjárvány kezdetén viszont ide kezdték el feltölteni a SARS-CoV-2-genomokat a világ minden tájáról, és gyorsan a világ legnagyobb covidgenom-adattára lett.

A GISAID március 21-i közleménye szerint a kínai szakemberek abból a célból töltötték fel a kérdéses metagenomikai szekvenciákat, mert tanulmányuk publikálás előtti ellenőrzése során a bírálók további adatokat kértek tőlük. Az adatbázist irányító szervezet szerint eközben néhány felhasználó letöltötte ezen adatok egy részét, és publikálták annak vizsgálatát, amit csak akkor enged meg a szabályzatuk, ha megtettek mindent azért, hogy az eredeti feltöltőkkel együttműködés alakuljon ki. Ez ahhoz vezetett, hogy kedden a GISAID letiltotta a vizsgálatot végző virológusok hozzáférését.

Miután Flo Débarre és kollégái kedd este a GISAID-et tájékoztatták a kínai szakemberekkel történő együttműködést célzó erőfeszítéseikről, szerdán visszaállították az adatbázishoz való hozzáférésüket. Balloux szerint „ennek ellenére ez az epizód reputációs kárt okozott minden érintett félnek és tovább csökkentette a tudományos közösségen, állami hatóságokon és a társadalmon belüli bizalmat. Őszintén remélem, hogy a kínai járványügyi hatóság továbbra is meg fogja osztani a madárinfluenza-genomokat a GISAID-del, ami az adatbázis létének elsődleges célja”.

Kérdésünkre, hogy meg van-e a kockázata annak, hogy a kínai kutatók visszavonják a benyújtott tanulmányukat, a genetikus azt válaszolta: „Látom annak valódi kockázatát, hogy Gao és kollégái visszavonják a Nature-nek beküldött tanulmányukat, és úgy döntenek, nem osztják meg a tanulmányuk alapjául szolgáló adatokat a világgal. Ez egy mélységesen sajnálatos eredménye lenne ennek az egész szomorú történetnek.”

Kapcsolódó cikkek a Qubiten: